SuperAPI AI 工具集

opentargets-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:通过 Open Targets Platform 公开 GraphQL API(https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql)查询靶点-疾病关联、证据、药物链接与安全性数据,用于靶点优先级排序、药物重定位和遗传学证据检索。无需认证。

主要能力:按基因符号或 Ensembl ID 查靶点元数据与可成药性;按 EFO ID 查疾病关联靶点;获取靶点-疾病关联评分及分项评分(genetic_association、somatic_mutation、known_drug、affected_pathway、literature、RNA_expression、animal_model 等);查询已知药物、作用机制与临床阶段;按数据源(gwas_catalog、clinvar、chembl 等)拉取证据;查询安全性与不良事件。

使用方式:需 Python requests 包,pip install requests。用 requests.post 发送 GraphQL 查询,示例端点常量 OT_URL = "https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql"。疾病须先用 search 查询解析为 EFO ID;分页参数 page.size 默认 10,最大 10000;证据查询可用 enableIndirect: true 纳入子疾病证据。

适用场景:疾病靶点排序、基因相关疾病检索、靶点药物与临床阶段查询、可成药性评估、遗传关联证据提取、药物安全性探索。

限制:官方未声明硬性速率限制,大批量查询(>100 靶点)建议加延迟;数据按季度更新,分析期间建议缓存响应;疾病名称需转为 EFO ID 以避免匹配问题;生物活性 IC50/Ki 应改用 chembl-database-bioactivity,临床试验详情应改用 clinicaltrials-database-search。具体收费与平台支持情况暂未提供。