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omics-plotting

写作与研究

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:为组学/生物信息学分析结果生成出版风格的静态图表,使用 matplotlib 与 seaborn。适用于从结果表或内存 DataFrame 出图,以及为报告、论文投稿或演示准备风格一致的图。不适用于交互式仪表盘、网页图表或 3D 分子结构渲染。

主要能力:提供统一的 PUB_STYLE rcParams 样式块与固定调色板(UP、DOWN、NS 及分类色板),确保同一分析中所有图配色一致。区分发散色图(RdBu_r,center=0,vmin=-vmax,用于 z-score、log2FC、相关性等有符号量)与顺序色图(viridis,用于密度、-log10 p、计数等无符号量)。内置图型配方包括火山图、MA 图、聚类表达热图、相关性热图、GSEA 条形图与点图、箱线/小提琴/条形图、山脊图、PCA/UMAP/t-SNE、Kaplan–Meier、曼哈顿图、QQ 图与森林图。

使用方式:先识别数据来源(工作区相对路径的 CSV/TSV 或内存 DataFrame)与图型,必要时先查看表头确认列名;再编写一个 Python 脚本,粘贴样式块、加载数据、套用对应配方绘图,并保存到 figures/ 下的工作区相对路径;最后把保存路径反馈给用户。多面板组合图由同系列的 multipanel 技能负责,本技能只绘制单个面板。

限制:输出为静态 matplotlib 图,不支持交互式或网页图表;配方中的列名为默认值,需按实际表覆盖;部分功能依赖 adjustText、scipy、sklearn、seaborn 等库;具体安装命令、收费与平台信息暂未提供。