SuperAPI AI 工具集

neuropixels-analysis

测试与质量

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:处理 Neuropixels 探针(NP 1.0 384 通道、NP 2.0 192 通道,30 kHz)的细胞外记录,按标准流程完成原始数据→尖峰分选→质量筛选→单元分析。

主要能力:用 SpikeInterface 统一 API 读取 SpikeGLX(.bin)、OpenEphys(.dat)、NWB 等格式;用 ProbeInterface 管理探针几何与通道映射;调用 Kilosort4 等分选器;计算 SNR、ISI 违规率、发放率、presence ratio、amplitude cutoff 等质量指标并筛选单元;计算 PSTH、群体编码解码;导出 NWB 与 Phy 格式;支持多分选器对比。

使用方式:安装 pip install spikeinterface[full] probeinterface kilosort,可选 pip install phy。流程为读取记录、共参考与 300–6000 Hz 带通滤波、去除坏通道、运行 Kilosort4、提取波形并计算质量指标、按阈值筛选单元、计算 PSTH 与可视化、导出 NWB 或 Phy。Phy 手动筛选可用 phy template-gui phy_export/params.py 启动。

适用场景:SpikeGLX/OpenEphys 记录的单元活动提取、自动质控、事件锁定 PSTH、群体解码、数据共享与分选器方法验证。

限制:Kilosort 需 NVIDIA GPU(4+ GB 显存),CPU 回退约慢 10 倍;MATLAB 版 Kilosort2/3 需 MATLAB 许可;长记录或通道过多可能显存不足,需分块处理;漂移校正对慢性记录重要,但尖峰过少或记录过短时可能失败;NWB 导出需提供 subject、date 等元数据。具体收费与平台支持暂未提供。