用途：端到端计算基元反应的活化能。流程依次为优化反应物与产物、IDPP 插值、CI-NEB 搜索最小能量路径、RS-I-RFO 结合 Hessian 精修过渡态、双向 IRC 验证并重新优化端点。
主要能力：输出经验证的过渡态几何、能垒（ΔE‡，热校正后为 ΔG‡）、IRC 能量曲线（irc_energy_profile.png）以及过渡态虚频振动动画（ts_imaginary_mode.html）。验证为必需步骤：收敛的过渡态必须检查其唯一虚频与 IRC 端点。
使用方式：依赖 xtb（GFN2-xTB 引擎）与 pysisyphus（pysis CLI），IRC 绘图需 matplotlib。输入为原子顺序一致的 reactant.xyz 与 product.xyz。需在本地临时目录（如 /tmp/rxn/）运行，pysisyphus 在挂载或网络目录上会因符号链接报 PermissionError。先检查工具，缺失时安装： cd /tmp/rxn command -v xtb && command -v pysis || bash setup_env.sh source "${ROOT:-${HOME:-/tmp}/xtbenv}/env.sh" 运行前在 pipeline.yaml 中设置 charge 与 mult（默认 charge: 0 对离子错误），溶液反应加 alpb，原子数约 50 以上时把 max_cycles 提到 150–200。执行： pysis pipeline.yaml > pipeline.log 2>&1 验证：python3 check_result.py pipeline.log 绘图：python3 plot_irc.py 热化学需对过渡态与反应物做 Hessian，且 --chrg、--uhf、溶剂须与 pipeline.yaml 一致。
适用场景：寻找基元步骤过渡态与活化能、比较系列反应能垒、在廉价半经验级别筛选能垒后再投入 DFT。
限制：GFN2-xTB 能垒为半定量，需与实验定量吻合时应改用 DFT；双分子反应参考态（分离反应物或预反应复合物）会改变数值，须记录；离子加中性分子的气相反应可能出现负能垒（淹没能垒），属正常现象。动画 HTML 由 molecular-visualization-3dmol 技能生成，本技能不产出。