用途:该技能通过 MPD 免费 REST API(无需鉴权,https://phenome.jax.org/api)检索标准化的近交系、重组近交系(如 BXD)、协同交叉/多样性远交系小鼠表型数据,涵盖代谢、心血管、行为、血液与免疫等性状,适合挑选极端表型品系、为 QTL 分析提取数据、比较品系间均值与方差、按本体术语查找测量项以及校验品系命名。安装依赖:pip install requests pandas matplotlib。关键限制与用法:measnum 为项目内 5 位整数,并非全局映射,必须先通过 /pheno/measureinfo/{projsym} 发现有效值;/pheno/strainmeans 等端点接受项目符号或逗号分隔的多个 measnum,/pheno/animalvals 仅接受 measnum;strainmeans 为未调整均值,lsmeans 为模型校正最小二乘均值;未识别选择器返回 400 JSON 错误。使用建议:循环请求间加 time.sleep(0.3),突发请求控制在约 5 次/秒以内。常用端点包括 /projects、/projects/{projsym}/dataset、/pheno/measureinfo、/pheno/strainmeans、/pheno/animalvals、/pheno/measures_by_ontology/{ont_term}、/straininfo、/geneinfo/{symbol}。适用场景为小鼠遗传背景研究与 QTL 表型准备;具体项目、测量项与数据须以 API 实际返回为准。
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数据与分析
更新于 10-15 22:40