用途:访问 Metabolomics Workbench(UCSD 托管、NIH 资助)的 REST API,基址为 https://www.metabolomicsworkbench.org/rest,URL 模式为 /{context}/{input_item}/{input_value}/{output_item}/{format}。context 包括 compound、refmet、moverz、study、analysis、metabolite、gene、protein。
主要能力:按 PubChem CID、KEGG ID、InChIKey、HMDB ID、分子式或 SMILES 查询代谢物记录;按物种、疾病、作者、机构、分析类型等发现研究;将代谢物名称标准化为 RefMet 命名;用 moverz 按 m/z 与加合物匹配未知化合物;获取已发表研究的代谢物表;查询与代谢通路关联的基因/蛋白注释;下载 mwTab 原始文件。
使用方式:需 Python 包 requests、pandas,无需 API key。注意 compound/name/{x} 被服务器拒绝,自由文本应先经 refmet/match/{x} 模糊标准化,再用 refmet/name/{精确名}/all 取完整记录。moverz/{REFMET|LIPIDS|MB}/{mz}/{ion}/{tol}/txt 仅返回 TSV,无 JSON 变体。study/.../summary 默认即 JSON,追加 /json 反而会切换为 TSV。旧的 metstat/filter 端点返回空数组,应改用 study 端点加客户端过滤。批量请求建议加 time.sleep(0.3)。
适用场景:代谢物跨库 ID 映射、MS 峰列表注释、查找检测某代谢物的研究、基因/蛋白注释查询。
限制:官方未公布严格速率限制但服务器共享;refmet/name 需精确规范名,否则返回空列表;moverz 无 JSON 输出;部分端点行为与旧文档不一致。