用途：该技能面向基于质谱的蛋白质组学分析，覆盖从 MaxQuant 数据库搜索与定量到下游统计分析的完整流程。MaxQuant 是 LFQ 与 SILAC 定量的常用软件，输出 proteinGroups.txt；下游过滤、归一化、填补、差异丰度检验与可视化在 Python 中完成，以脚本方式复现 Perseus 工作流。
主要能力：支持无标记定量（MaxLFQ）、SILAC 轻重/三重标记、iTRAQ/TMT 报告离子定量；通过 mqpar.xml 配置酶切、修饰、FDR、match-between-runs、LFQ 最小比值计数等参数；解析 proteinGroups.txt，剔除污染物、反向诱饵与仅由位点鉴定的条目；对 LFQ 强度做 log2 转换与按样本中位数归一化；以 MNAR 策略从下移高斯分布填补缺失值；用双样本 t 检验加 BH FDR 校正做差异丰度分析；用 gseapy 的 Enrichr 做 GO/KEGG 过表达富集；火山图等图形交由 omics-plotting 技能生成。
使用方式：MaxQuant 为 Windows 软件（v2.4+，需 .NET 6），可从 https://maxquant.org/ 下载，命令行通过 MaxQuantCmd.exe 配合 mqpar.xml 运行，也可在 Linux/macOS 下用 Wine 运行。Python 依赖安装：pip install pandas numpy scipy matplotlib seaborn statsmodels gseapy；如需程序化配置 mqpar.xml 可 pip install pymaxquant。数据需 Thermo .raw 或 mzML 文件及 FASTA 蛋白数据库（UniProt reviewed 加污染物库）。分析前需与用户确认定量策略、数据库、酶与漏切数、固定/可变修饰、FDR、match-between-runs、LFQ 最小比值计数、缺失值填补方式、差异阈值等参数。
适用场景：多条件 LFQ 定量、SILAC 实验、iTRAQ/TMT 定量、需要与已发表 MaxQuant 输出格式对比的数据集，以及不安装 Perseus（仅 Windows GUI）而用 Python 做差异分析与富集。
限制：MaxQuant 本体仅 Windows 原生运行；缺失值填补与 match-between-runs 的选择会显著影响结果，需谨慎设定；资料未提供具体收费、价格与性能数据。