用途:通过 KEGG REST API 查询生物通路与分子网络,包括通路、基因、化合物、酶、疾病、药物,并做跨数据库 ID 转换。基础地址为 https://rest.kegg.jp/,无需认证,返回制表符分隔文本。
主要能力:info 获取数据库元数据;list 列出条目;find 按关键词或分子属性(formula、exact_mass、mol_weight)搜索;get 获取完整条目或指定格式(aaseq、ntseq、mol、kcf、image、kgml、json);conv 在 KEGG 与 ncbi-geneid、ncbi-proteinid、uniprot、pubchem、chebi 间转换;link 查找库内与库间关联(genes↔pathway、pathway↔compound、genes↔ko 等);ddi 查询药物相互作用。
使用方式:需 pip install requests。示例:requests.get("https://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa:7157") 获取 TP53 关联通路;requests.get("https://rest.kegg.jp/get/hsa04110") 获取通路详情。批量查询用 + 连接 ID。
限制:仅限学术用途,商业使用需单独 KEGG 许可;get/list/conv/link/ddi 每次最多 10 个条目,image/kgml/json 仅支持 1 个;无明确速率限制,但建议批量请求间加 time.sleep(0.5)。分析已知物种时优先用物种特异通路 ID(如 hsa00010),而非参考通路 map00010。若需 Python 原生多库查询可考虑 bioservices,通路可视化可用 KEGG Mapper。其他细节暂未提供。