用途:InterPro 是 EBI 整合的蛋白质家族、结构域与功能位点数据库,汇集 Pfam、PANTHER、PIRSF、PRINTS、PROSITE、SMART、CDD、NCBIfam 等 13 个成员数据库的签名,统一为 InterPro 条目。其 REST API(https://www.ebi.ac.uk/interpro/api/)免费且无需认证,适合按 UniProt 登录号识别蛋白质的结构域与家族、搜索含特定结构域的蛋白、查看分类分布、关联 PDB 结构、检查成员数据库覆盖情况,以及按关键词发现条目。
主要能力:条目搜索与按登录号获取条目;获取蛋白质结构域架构;列出含某条目的蛋白;获取条目的分类分布;检索关联的 PDB 结构;下载家族 FASTA 序列。条目类型包括 family、domain、homologous_superfamily、repeat、site。
使用方式:需 Python 包 requests、pandas、matplotlib,安装命令 pip install requests pandas matplotlib。需 UniProt 登录号(如 P04637)或 InterPro 登录号(如 IPR011009),需联网,无需 API key。批量查询建议用 time.sleep(1.0) 间隔,并用 ?cursor= 或 ?page_size= 分页。注意部分端点路径顺序会影响性能,如蛋白列表应使用 /protein/{db}/entry/interpro/{IPR}/,分类与结构端点同理;大条目(如激酶 IPR000719)可能超时,宜选较小条目。
适用场景:蛋白质结构域注释、家族分类、跨物种分布分析、结构关联与序列比对准备。
限制:无公开硬性速率限制;部分大条目端点会超时;序列检索、功能注释与 ID 映射应改用 uniprot-protein-database,下载比对序列或构建 HMM 应直接用 Pfam。具体收费、价格与平台信息暂未提供。