homer-motif-analysis

用途：对 ChIP-seq/ATAC-seq 峰进行转录因子基序富集与基因组注释。主要能力：findMotifsGenome.pl 针对 JASPAR/HOMER 库做已知基序富集，并支持从头发现过代表模式；annotatePeaks.pl 将每个峰映射到最近基因、TSS 距离及基因组特征（启动子、内含子、基因间区、重复序列）。输入为 MACS3 等峰调用器产生的 BED 文件与参考基因组，输出按 p 值和相对背景富集倍数排序的 HTML/文本报告。用法：先确认环境是否已有工具，运行 command -v findMotifsGenome.pl；conda 安装用 conda install -c bioconda homer，随后用 installGenome.pl hg38 等下载基因组。典型命令：findMotifsGenome.pl peaks/tf_chip_summits.bed hg38 motif_output/ -size 200 -mask -p 4；annotatePeaks.pl peaks/tf_chip_peaks.narrowPeak hg38 > annotated_peaks.txt。常用参数包括 -size（窗口，TF ChIP 200 bp、ATAC 150 bp）、-mask（屏蔽重复序列）、-p（线程）、-nomotif（仅已知基序，约快十倍）、-bg（自定义背景）、-find（扫描特定基序）。适用场景：鉴定峰集中结合的转录因子、无先验发现新基序、比较处理与对照的基序图谱、峰功能注释、验证 ChIP-seq 质量。限制：需先安装并下载基因组（每个约 3–10 GB）；从头发现约慢十倍；背景若不匹配 GC 含量会产生假阳性；重复序列需屏蔽；具体收费、平台与效果资料暂未提供。