用途：通过解析本地下载的 HMDB（Human Metabolome Database，22 万余条代谢物条目）XML，实现代谢物查询、化学性质提取、生物学背景（通路、酶、生物体液/组织定位）、疾病与生物标志物关联、谱图数据以及跨数据库 ID 映射。HMDB 无公开 REST API，只能本地解析 XML 或使用网页界面。
主要能力：按 HMDB ID 或名称（不区分大小写）查找代谢物；提取分子式、平均/单同位素分子量、SMILES、InChI、InChIKey、状态及 ClassyFire 分类；获取 SMPDB/KEGG 通路、UniProt 酶关联、生物体液与组织定位；查询疾病关联（含 OMIM ID 与 PubMed 引用）及正常/异常浓度范围；提取 NMR（1H、13C）与 MS/MS 峰列表；映射 KEGG、PubChem、ChEBI、DrugBank、CAS、METLIN 等外部 ID。
使用方式：先在 https://hmdb.ca/downloads 注册并下载 hmdb_metabolites.xml.zip（解压约 6 GB），安装 pip install lxml pandas。用 xml.etree.ElementTree 解析，命名空间为 http://www.hmdb.ca；可先构建 ID/名称索引，内存受限时用 iterparse 并 elem.clear()。字段覆盖不均：accession/名称/分子式约 100%，SMILES/InChI/分子量约 90%，分类约 85%，生物体液约 60%，通路约 40%，蛋白关联约 35%，疾病约 25%，正常浓度约 20%，MS/MS 约 15%，NMR 约 10%。
适用场景：代谢组学代谢物鉴定（按 m/z 与分子量匹配候选）、疾病生物标志物发现、通路与酶分析、跨库 ID 转换。
限制：需本地大文件与足够内存；无官方 REST API；网页界面不适合抓取；R 包 hmdbQuery 功能有限且过时；药物专属数据应改用 drugbank-database-access，实时化合物属性查询可用 pubchem-compound-search。