SuperAPI AI 工具集

gtopdb-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:查询 IUPHAR/BPS Guide to Pharmacology(GtoPdb)中的药物靶点、配体及定量相互作用,适合受体药理学研究、靶点-配体亲和力(pKi/pIC50/pKd 等)检索、已批准药物与交叉引用查询,以及 HGNC→UniProt→GtoPdb 靶点 ID 的跨库映射。

主要能力:REST API 基址为 https://www.guidetopharmacology.org/services/,返回 JSON。可按 geneSymbol 或 accession(UniProt)精确解析靶点;通过 /targets/{id}/databaseLinks、/synonyms、/interactions 获取交叉引用、同义词与相互作用;通过 /ligands/{id}/structure 获取 SMILES/InChI/InChIKey,/ligands/{id}/databaseLinks 获取 PubChem、ChEMBL、DrugBank 等 ID;/targets/families 列出约 867 个 IUPHAR 家族;type=Approved 服务器别名返回约 2,197 个已批准配体。

使用方式:需 requests、pandas、matplotlib;pip install requests pandas matplotlib;无需 API 密钥。注意:base 记录字段精简,基因符号、UniProt、SMILES 等存于子资源;name= 为模糊匹配会误中,务必用 geneSymbol=/accession=;/interactions 的 targetId、ligandId 等过滤参数被静默忽略,应改用 /targets/{id}/interactions 或 /ligands/{id}/interactions;/ligands 的 approved=true 被忽略,须用 type=Approved;affinity 为字符串,可能含范围或修饰符,需用 pd.to_numeric(..., errors="coerce");家族端点为 /targets/families(/families 会 404)。批量请求建议 time.sleep(0.2),无官方速率限制。

适用场景:构建靶点配体谱、配体脱靶分析、家族内已批准药物筛选、结构描述符批量提取等。限制:GtoPdb 为人工审编、规模较小但注释更深;更大生物活性数据集应改用 chembl-database-bioactivity,FDA 标签文本应改用 dailymed-database。