SuperAPI AI 工具集

gnomad-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:通过 gnomAD 的 GraphQL API(https://gnomad.broadinstitute.org/api)查询群体变异频率,用于判断候选变异是否罕见、按祖源分层获取频率、筛选基因内罕见功能缺失变异、获取基因约束指标以及评估区域测序覆盖度。无需认证,无官方 SDK。

主要能力:支持基因变异查询、单变异查询(CHROM-POS-REF-ALT 或 rsID)、按祖源分层的群体频率、区域覆盖度、基因约束(pLI、LOEUF、mis_z)以及染色体区域变异检索。gnomAD v4 含 gnomad_r4(GRCh38,73 万+个体)与 gnomad_r2_1(GRCh37,14.1 万个体)两个数据集。祖源分组包括 afr、amr、eas、fin、nfe、sas、asj、mid、oth。faf95.popmax 可用于保守过滤。

使用方式:需安装 requests、pandas、matplotlib(pip install requests pandas matplotlib),通过 POST 发送 GraphQL 查询。建议请求间使用 time.sleep(0.5),避免超过每秒 10 次请求。示例中 GnomadConstraint 字段为扁平结构,使用 pli 而非 pLI;变异后果需从 transcript_consequences 读取并选取 is_canonical=True 的转录本;群体频率需由 ac/an 计算,VariantPopulation 不再直接提供 af;覆盖度位于 region.coverage 下,返回 exome/genome 并行数组。

适用场景:临床变异过滤、基因 burden 分析、候选变异优先级排序、覆盖度评估。限制:gnomAD 仅提供频率证据,不进行致病性分类(应使用 clinvar-database);研究级 GWAS 关联应使用 gwas-database。官方未公布速率限制。