用途：featureCounts 属于 Subread 软件包，用于把 BAM 文件中的测序读段按 GTF/GFF 注释分配到基因组特征（如基因、外显子、内含子或自定义特征），统计每个基因的读段数，输出基因×样本计数矩阵，是 STAR 比对后 RNA-seq 流程的标准计数步骤，结果可用于 DESeq2 或 edgeR 差异表达分析。
主要能力：单条命令可同时处理多个 BAM 文件；输出计数矩阵及读段分配统计（已分配、各类未分配）；支持链特异性文库（正义/反义）；可生成外显子级或自定义特征计数（如 DEXSeq 剪接分析）；可用于在缺少协议文档时推断文库链特异性。
使用方式：需先安装 Subread（如 conda install -c bioconda subread，或 apt-get install subread），用 featureCounts -v 验证。输入为已排序的 STAR 或 HISAT2 BAM 文件及匹配的 GTF 注释。基本命令示例：featureCounts -a annotation.gtf -o counts/gene_counts.txt -T 8 -p --countReadPairs sample1.bam sample2.bam。常用参数包括 -s（0 非链特异、1 正义、2 反义）、-t exon、-g gene_id、--minOverlap、--fracOverlap、-O、-M。输出 gene_counts.txt 为 TSV 计数矩阵，另生成 .summary 分配统计。
适用场景：从 STAR 比对 BAM 生成基因级计数矩阵；多样本批量计数；链特异性文库计数；外显子级或自定义特征计数；文库链特异性验证。若无 BAM 且偏好快速伪比对，可改用 Salmon；HTSeq-count 为较慢但更灵活的替代方案。
限制与注意事项：链特异性设置错误会显著降低或错误分配计数，应从数据推断并视为 QC 问题；启用 -M 计数多比对读段可能高估旁系同源和重复区域基因；GTF 必须与比对所用基因组组装版本一致；GFF3 属性不同时需用 -g ID；配对末端需加 -p --countReadPairs；大 BAM 文件需提高 -T 线程数并确保按坐标排序。具体收费、价格与平台信息暂未提供。