用途：fastp 在一次多线程运行中完成 Illumina FASTQ 的接头修剪、质量过滤与质控报告生成，是 WGS、RNA-seq、WES、ChIP-seq、ATAC-seq 等流程比对前的标准预处理步骤。它可从双端读段重叠区自动检测接头，无需手动指定；可校正重叠区错配碱基，按质量分数与长度过滤读段，去除 polyX 尾（RNA-seq 的 polyA），并输出交互式 HTML 与机器可读 JSON 报告。资料称其比 Trim Galore 和 Trimmomatic 快 3–10 倍，结果相当或更好。
主要能力：接头自动检测与修剪；质量与长度过滤；双端重叠校正；polyX/polyA 尾去除；低复杂度过滤；按 UMI 或 index 拆分 FASTQ；生成 HTML+JSON 质控报告，可被 MultiQC 聚合。
使用方式：需先确认环境是否已有 fastp（command -v fastp），在 pixi 项目中用 pixi run fastp。安装：conda install -c bioconda fastp，或下载预编译二进制。基本双端用法：fastp -i sample_R1.fastq.gz -I sample_R2.fastq.gz -o sample_R1.trimmed.fastq.gz -O sample_R2.trimmed.fastq.gz -h sample_qc.html -j sample_qc.json --thread 8。常用参数包括 --qualified_quality_phred（默认 15）、--length_required（默认 15）、--correction、--detect_adapter_for_pe、--adapter_sequence、--trim_poly_x、--low_complexity_filter、--split。
适用场景：各类 NGS 比对前修剪；流程首步生成单样本质控报告再交 MultiQC 汇总；双端数据优先用重叠自动检测接头；3′ 富集 RNA-seq（Smart-seq、QuantSeq）去 polyA；按 UMI/index 拆分。若需 Trim Galore 的逐碱基质量报告或 Trimmomatic 的滑窗精细控制，可改用它们。
限制与注意：单端模式无法自动检测接头，需显式指定 --adapter_sequence；--detect_adapter_for_pe 仅用于双端。阈值过严会导致通过率偏低，可放宽 --qualified_quality_phred 至 15、降低 --length_required。JSON 字段缺失可能因版本过旧，需升级。MultiQC 需扫描到 JSON 所在目录。polyA 未去除通常是未设 --trim_poly_x。输出为空多为全部读段被过滤，应检查输入与阈值。
前置条件：fastp（conda 或预编译二进制）；输入为原始 Illumina FASTQ（单端或双端，.fastq 或 .fastq.gz）。