用途:在正式分析前,系统检查科学数据文件的结构、内容与质量。核心能力包括按数据类型选择分析路径:表格(CSV、Parquet等,摘要统计与相关性)、序列(FASTA/FASTQ,长度与质量分布)、图像/显微(TIFF、ND2、DICOM,维度与强度)、光谱(mzML、JCAMP,峰检测与信噪比)、结构(PDB、CIF,原子与键验证)、数组(NPY、HDF5、Zarr,形状与dtype)、组学(H5AD、VCF,特征计数与QC)。
格式识别:优先按扩展名映射,其次查魔数字节(如HDF5、GZIP),再对 .txt、.dat 等内容嗅探,并处理 .ome.tiff、.nii.gz 等复合扩展名。
使用方式:按文件识别、初步评估、数据加载、质量评估、统计分析、报告生成六步执行。大文件先读元数据再抽样;可用 pandas/polars 惰性读取、h5py 切片、pysam 索引访问。报告输出为 {original_filename}_eda_report.md。
限制与注意:不得假设 CSV 一定干净;注意缺失值哨兵值(-999、#N/A 等)、单位与坐标系统、批次效应、重复记录;大文件避免全量加载。原始资料中 6 个分类格式目录未完全迁移,仅保留约50个常见格式的合并参考;具体安装命令与库版本请查官方文档,资料未提供。