ensembl-database

用途：通过 Ensembl REST API 程序化获取 300+ 脊椎与非脊椎物种的基因组注释，无需登录或 API 密钥。主要能力：按符号或稳定 ID 查询基因/转录本/蛋白信息（坐标、biotype）；批量 ID 转换与跨库映射（HGNC、RefSeq、UniProt）；获取基因组、cDNA、CDS、蛋白序列；用 VEP 注释变异后果与影响；查询区域内的调控特征；检索直系同源与旁系同源基因。用法：Python 安装 requests（pip install requests），向 https://rest.ensembl.org 发送 GET/POST 请求，Content-Type 为 application/json 或 text/plain。批量接口 POST /lookup/symbol/{species} 和 POST /vep/human/hgvs 支持多条 ID。查询区域时需指定 coord_system_version=GRCh38，旧坐标使用 grch37.rest.ensembl.org。仅需基因元数据时用 expand=0 减小负载；看变异结果时可用 canonical 标志筛选最具生物学相关性的转录本。限制：需联网；速率上限约 15 请求/秒，超限返回 HTTP 429，应加 time.sleep(0.1) 或用批量接口；HGVS 格式错误会返回 HTTP 400；符号查询物种名需用 homo_sapiens 而非 human；废弃 ID 需通过 /archive/id/{id} 解析；服务维护返回 HTTP 503。本地离线大批量注释可改用 pyensembl，通路相关查询可改用 kegg-database 或 reactome-database。具体收费与价格信息暂未提供。