用途：通过 ENA（EMBL-EBI 欧洲核苷酸档案库）的 REST API 程序化检索核苷酸数据，涵盖研究项目、样本、测序读段、基因组组装、注释序列及关联元数据，并镜像扩展 INSDC（GenBank、DDBJ）数据。无需认证。
主要能力：Portal API 提供跨数据类型的元数据搜索，支持布尔查询语法、字段选择与分页；Browser API 按访问号获取 XML、FASTA、EMBL 平面文件等记录；filereport 返回 FASTQ、submitted、analysis 文件的 FTP 与 Aspera 下载路径，并附大小与 MD5；Taxonomy API 按 taxId、学名或部分名称查询物种与谱系；Cross-ref API 关联 ArrayExpress、UniProt、PDB 等外部库；CRAM 参考注册表按 MD5/SHA1 校验和取回解压所需参考序列。
使用方式：依赖 pip install requests。Portal 基础地址为 https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api，Browser 为 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api，Taxonomy 为 https://www.ebi.ac.uk/ena/taxonomy/rest，Cross-ref 为 https://www.ebi.ac.uk/ena/xref/rest。search 端点必填 result 与 query，fields、format、limit、offset、sortFields 可选；filereport 必填 accession 与 result；Browser 以 xml/ 或 fasta/ 加访问号调用。可用 returnFields 端点发现某 result 类型的可用字段。
适用场景：按物种或项目检索研究、样本与实验；下载公共数据集原始 FASTQ/BAM 用于再分析；获取基因组组装及质量统计（如 base_count）；按访问号取回 FASTA/EMBL 序列；探索分类谱系；与外部数据库交叉引用；为大规模项目批量构建下载清单。多库联合查询（ENA+UniProt+KEGG）宜用 bioservices；NCBI 专属查询宜用 pubmed-database 或 Biopython Entrez。
限制：所有 ENA API 合计限速 50 请求/秒，调用需自行控制间隔；大结果集应使用分页（limit+offset）或流式（limit=0 导出 TSV）；部分字段会失效，如 assembly 的 n50，应以 base_count 等替代；study 上 library_strategy 不适用；study_title 通配符已不再匹配，宜用 tax_tree() 配合物种 taxId；suggest-for-search 仅返回前缀匹配；部分运行只有 submitted 文件而无处理后的 FASTQ，应同时检查 submitted_ftp；下载后应以 fastq_md5 校验完整性。资料未提供收费、价格与平台等其它信息。