用途：deepTools 是面向高通量测序的命令行工具包，用于将 BAM 比对转换为归一化覆盖度轨迹（bigWig/bedGraph）、进行样本质控与比较、并生成基因组特征周围的热图与分布曲线，支持 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq、MNase-seq。
主要能力：bamCoverage 把 BAM 转为覆盖度轨迹，支持 RPGC/CPM/RPKM/BPM 归一化；bamCompare 生成处理组与对照组的 log2 比值、差值等比较轨迹；multiBamSummary 配合 plotCorrelation、plotPCA 评估重复样本相关性；plotFingerprint 评估 ChIP 富集强度；plotCoverage 与 bamPEFragmentSize 评估覆盖深度和片段大小分布；computeMatrix 结合 plotHeatmap、plotProfile 在 TSS、峰等位点或基因体上绘制热图和曲线；alignmentSieve 可过滤 reads 并做 ATAC-seq 的 Tn5 偏移校正；另有 GC 偏好校正与区域富集分析工具。
使用方式：先安装 pip install deeptools，用 bamCoverage --version 验证。输入 BAM 须已排序并建索引（samtools index input.bam），区域用标准 3 列以上 BED。基本流程为：bamCoverage 生成 bigWig，computeMatrix 生成矩阵，再用 plotHeatmap/plotProfile 出图。常用参数包括 --normalizeUsing、--effectiveGenomeSize、--binSize、--extendReads、--ignoreDuplicates、--numberOfProcessors，以及 computeMatrix 的 -b/-a、--referencePoint、scale-regions 模式。
适用场景：ChIP/ATAC 的归一化轨迹与对照比值、重复样本相关性/PCA、富集指纹、TSS 或峰周围热图与曲线、链特异性 RNA-seq 覆盖度、ATAC-seq Tn5 校正分析。
限制与注意：RPGC 必须搭配正确的 --effectiveGenomeSize，否则结果静默出错；ChIP-seq 一般应 --extendReads，RNA-seq 绝不能用 --extendReads（会跨越剪接连接）；比较时各样本须用同一归一化方法；碱基分辨率越大文件越大，内存不足时可增大 binSize 或用 --region 局部测试；本工具不负责比对和峰识别，比对需用 STAR/BWA/bowtie2，峰识别需用 MACS2/HOMER；使用前应先做指纹和相关性质控。官方安装、参数与更多工作流细节暂未在资料中提供完整清单。