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datamol-cheminformatics

数据与分析

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:Datamol 在 RDKit 之上提供轻量、Pythonic 的分子化学信息学抽象层,简化药物发现常见操作。所有分子对象均为原生 rdkit.Chem.Mol,保持完全兼容。

主要能力:SMILES/SDF/CSV/Excel 的解析与标准化;描述符与性质计算(mw、logp、tpsa 等);指纹生成(ecfp、maccs、topological、atompair)与 Tanimoto 距离矩阵;Butina 聚类、多样性选择与质心挑选;Murcko 骨架提取、BRICS/RECAP/MMPA 碎片化;3D 构象生成与 RMSD 聚类、SASA;分子网格可视化。

使用方式:安装 uv pip install datamol,导入 import datamol as dm。核心调用如 dm.to_mol()、dm.standardize_mol()、dm.descriptors.compute_many_descriptors()、dm.to_fp()、dm.cluster_mols()、dm.pick_diverse()、dm.conformers.generate()、dm.viz.to_image()。批处理函数支持 n_jobs 与 progress 参数,I/O 支持 S3、GCS、HTTP(需安装 s3fs、gcsfs 等)。

适用场景:化合物库清洗与标准化、ML 特征化、相似性搜索与虚拟筛选、多样性挑选、骨架分析与 SAR 分组、基于骨架的 ML 训练/测试划分、构象分析。

限制:Butina 聚类构建完整距离矩阵,适合约 1000 个分子以内,更大量级宜用 pick_diverse 或层次方法;dm.to_mol() 对无效 SMILES 返回 None,需先过滤;外部数据应先标准化,否则同一分子不同 SMILES 会产生不同指纹;Murcko 骨架需至少一个环;可视化依赖 Pillow、cairosvg,Excel 图像输出需 openpyxl。基因查询用 gget,高级子结构查询或自定义指纹直接用 RDKit。价格、许可与更新信息暂未提供。