用途：对基因组尺度代谢网络做基于约束的重构与分析，可预测不同营养条件下的微生物生长速率、识别必需基因或反应、确定通量范围、采样可行通量分布、设计最低限度培养基、计算生产包络、用通用反应数据库填补不完整模型。
主要能力：模型读写（load_model、read_sbml_model、write_sbml_model、load_json_model、save_json_model，内置 textbook、ecoli、salmonella）；结构与组件查询（DictList、reactions/metabolites/genes、exchange 前缀反应、GPR 基因-反应规则）；FBA（model.optimize、pfba、slim_optimize）；FVA（flux_variability_analysis，支持 fraction_of_optimum、loopless）；单/双基因敲除（single_gene_deletion、double_gene_deletion）；培养基（minimal_medium）；通量采样（sample，optgp/achr）；生产包络（production_envelope）与 gapfill；find_blocked_reactions 等验证工具。
使用方式：pip install cobra。常用写法为 model = load_model("textbook") 后 model.optimize()；临时改动建议用 with model: 上下文管理器，退出即还原；循环内用 slim_optimize() 提速；采样与双敲除可用 processes 参数并行。
适用场景：微生物生长预测、必需基因筛选、代谢工程菌株设计与培养基优化、模型质量检查。
限制：面向约束模型，不适用于动力学或 ODE 动态模型（材料建议改用 Tellurium），代谢图可视化建议用 Escher；loopless 计算耗时大；CPLEX/Gurobi 需许可证；模型文件来源与具体版本、培养基组成需用户提供，资料未给出收费或价格信息。