用途:围绕药物基因组学(PGx)数据查询,将 ClinPGx(原 PharmGKB,2024 年更名,API 由 api.pharmgkb.org 迁至 api.clinpgx.org,旧主机返回 404/405)与 CPIC PostgREST 两套 API 配合使用:ClinPGx 回答“某基因/药物/变异已知什么”,CPIC 回答“给定表型该如何用药”。
主要能力:ClinPGx Data API(api.clinpgx.org/v1)按记录访问基因、药物、变异、临床注释、指南注释、药物标签与通路,响应包裹为 {"data": [...], "status": "success"},支持点分属性过滤(如 relatedChemicals.name、levelOfEvidence.term),view=base 为摘要、view=max 为完整嵌套对象;POST /site/search 支持跨记录类型全文检索;data/clinicalAnnotation 按药物与证据等级过滤(无可用 gene= 过滤);data/guidelineAnnotation 支持 relatedGenes.symbol、relatedChemicals.name 与 source(CPIC、DPWG、CPNDS、RNPGx);data/label 按药物与 source(FDA、EMA、HCSC、PMDA、Swissmedic)过滤。CPIC API(api.cpicpgx.org/v1)以 PostgREST 语法做基因型→用药建议查询,如 column=eq.value 与 jsonb 包含 cs.{...},返回扁平 JSON 数组,典型链路为 drug → drugid → recommendation,可按 phenotypes 过滤,pair 端点按 genesymbol 查基因-药物对。
使用方式:Python 依赖 requests、pandas(pip install requests pandas);无需认证,需联网;ClinPGx 偶发 HTTP 429,顺序调用间加 time.sleep(0.3–0.5),CPIC 限制更宽松;pixi/conda 环境已含依赖时可跳过安装,用 pixi run python ... 运行脚本。输入可为 HGNC 基因符号、小写通用药物名、dbSNP rsID 或 PA 标识符。
适用场景:检索基因-药物对的 CPIC 基因型特异性剂量建议、按证据等级汇总临床注释、统计药物基因 Panel 的 CPIC 覆盖、由 rsID 反查相关注释、查询 FDA/EMA 药物基因组标签。证据等级为 1A→4,1A 最强,过滤时须用字符串("1A")。
限制:旧 PharmGKB 主机不可用;临床注释端点无可用 gene= 过滤,须改用 guidelineAnnotation;Data API 不接受 rsID 作为过滤属性,需先经 /site/search 发现注释 ID 再按 ID 获取;view=max 载荷大、速度慢,建议仅用于单条记录;调用须读取 data 与 status 两个键,失败时错误在 data.errors 中。胚系疾病致病性查询不属于本技能范围(另用 clinvar-database),体细胞肿瘤药物基因组学另用 cosmic-database 或 opentargets-database。定价、平台等未在资料中提供。