SuperAPI AI 工具集

chembl-database-bioactivity

数据与分析

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:访问 EMBL-EBI 的 ChEMBL 生物活性分子数据库(2M+ 化合物、19M+ 生物活性测量、13K+ 靶点),用于按名称/ID/理化性质查找化合物、查询靶点活性(IC50、Ki、EC50、Kd)、SMILES 相似性与子结构检索、药物作用机制与适应症、SAR 分析与类药性筛选。若需通用化学信息学(SMILES 处理、指纹、描述符)应改用 rdkit-cheminformatics;如需更广覆盖的化合物库可用 pubchem-compound-search。

主要能力:API 基础地址为 https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/,返回 JSON(加 .json),无需认证,支持 Django 风格过滤参数(如 field__icontains、field__lte、field__range=a,b、field__in、field__isnull),通过 page_meta.next 游标分页。核心端点包括 /molecule、/target、/activity、/assay、/drug、/mechanism、/drug_indication、/similarity/{smiles}/{tanimoto}、/substructure/{smiles}、/image/{chembl_id}.svg、/protein_class、/document。

使用方式:pip install requests(可选 pip install pandas)。示例:requests.get(f"{BASE}/molecule/CHEMBL25.json", timeout=15)。靶点名称需用完整拼写,缩写如 EGFR 不匹配 pref_name,应使用 epidermal growth factor receptor;相似性检索需对 SMILES 做 URL 编码。批量循环建议每次请求间 time.sleep(0.2-0.5),遇 HTTP 429 退避。

限制:官方未公布硬性速率限制,但基础设施共享需节制;/image 端点为二进制 SVG,不能加 .json,否则会触发 JSONDecodeError;不同 ChEMBL 版本下某些药物可能返回 0 条机制记录;数据质量需检查 data_validity_comment 与 potential_duplicate。定价、收费与平台支持情况暂未提供。