SuperAPI AI 工具集

brenda-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:通过 BRENDA 酶信息系统的 SOAP 接口程序化查询酶学数据,适用于获取与比较动力学参数、查找底物与抑制剂、为代谢模型准备米氏参数、以及将 EC 号与 UniProt 交叉引用。

主要能力:按 EC 号查询 Km、kcat(转换数)、Vmax、Ki 等实验测定值;获取底物与产物、抑制剂、辅因子;按生物体过滤数据;查询最适 pH 与温度;将 EC 号映射到 UniProt 登录号;按酶名反查 EC 号。数据来自 20 万余篇文献。

使用方式:使用 Python 的 zeep 客户端连接 WSDL 地址 https://www.brenda-enzymes.org/soap/brenda_zeep.wsdl;需在 https://www.brenda-enzymes.org/register.php 免费注册学术账号。认证参数为邮箱与密码的 SHA256 哈希(hashlib.sha256(password.encode()).hexdigest());查询参数以管道分隔字段过滤,如 ecNumber1.1.1.27、substratepyruvate、organism*Homo sapiens。安装命令:pip install zeep pandas requests。

限制:BRENDA 使用 SOAP 而非 REST;官方未给出明确速率限制,但应避免批量自动查询,建议请求间加 0.5–1 秒休眠;同一底物常有多篇文献数据,跨度可达一个数量级,建议用中位数与四分位距聚合;结果为空多为 EC 号或底物名有误。代谢网络模拟建议改用 cobrapy-metabolic-modeling,代谢物结构建议用 hmdb-database。