用途：面向序列中心的生物信息学分析流程，从 NCBI 数据获取、比对到系统发育推断。
主要能力：Bio.SeqIO 读写 FASTA、FASTQ、GenBank、EMBL、PHYLIP、Nexus 等格式，SeqIO.parse() 返回 SeqRecord 迭代器，SeqIO.index() 支持大文件随机访问，SeqIO.convert() 可一次完成格式转换；Bio.Seq/SeqRecord/SeqFeature 提供序列操作、特征注释与坐标提取；Bio.Entrez 封装 NCBI E-utilities（esearch/efetch/elink/esummary）；Bio.Blast 支持远程 qblast 与本地 BLAST+ 结果解析；Bio.Phylo 解析 Newick/Nexus/PhyloXML/NeXML 并支持定根、剪枝、距离计算与 matplotlib 可视化；Bio.Align.PairwiseAligner 替代已弃用的 pairwise2，支持全局/局部比对与 BLOSUM62 等替换矩阵。
使用方式：需安装 biopython、numpy、matplotlib；本地 BLAST 需另装 BLAST+（conda install -c bioconda blast）。调用 Entrez 前必须设置 Entrez.email，默认限速 3 req/s，使用 API key 可提升至 10 req/s。安装命令：pip install biopython numpy matplotlib。运行前可用 command -v python 检查环境是否已具备该工具；在 pixi 项目中应使用 pixi run python。
适用场景：从 NCBI 下载基因家族并构建系统发育树、解析 GenBank/GFF3 提取 CDS、运行 BLAST 并筛选显著命中、计算序列一致性与比对打分、大 FASTA/FASTQ 随机访问、序列格式互转、程序化遍历与注释系统发育树。
限制：处理 SAM/BAM/CRAM 应改用 pysam；生态多样性指标或 PCoA 应改用 scikit-bio；快速基因查询可用 gget。PCR 引物设计、限制酶切、克隆模拟、蛋白结构分析（Bio.PDB）及分子量/Tm 计算属于 biopython-molecular-biology 技能范围。远程 BLAST 与 Entrez 受 NCBI 速率限制，本地 BLAST 需额外安装 BLAST+，MUSCLE/ClustalW 为可选依赖。