用途：Biopython 是面向计算分子生物学的开源 Python 库，用于序列处理、生物文件格式解析与转换、NCBI 数据库访问、BLAST 搜索、蛋白结构分析和系统发育分析。支持 Python 3，依赖 NumPy。
主要能力：Bio.Seq 创建与操作 DNA/RNA/蛋白序列（互补、反向互补、转录、翻译、指定遗传密码表）；Bio.SeqIO 读写与转换 FASTA、GenBank、FASTQ 等格式，支持流式过滤与索引随机访问；Bio.Entrez 以编程方式检索 PubMed、GenBank、Protein 等 NCBI 数据库；Bio.Blast 运行并解析远程 NCBI 或本地 BLAST+ 结果；Bio.Align 进行全局/局部双序列比对，可自定义打分并加载 BLOSUM62 等替换矩阵；Bio.PDB 解析 PDB/mmCIF，遍历 SMCRA 层级、提取序列、计算距离与叠合 RMSD；Bio.Phylo 从比对构建 NJ/UPGMA 树并可视化；Bio.SeqUtils 计算 GC 含量、分子量、熔解温度及蛋白等电点、GRAVY 等。
使用方式：安装命令为 pip install biopython numpy matplotlib。典型流程为用 SeqIO.parse 读取文件、用 Seq 与 SeqUtils 计算统计、用 Entrez 按 accession 获取记录、用 NCBIWWW.qblast 或 NcbiblastpCommandline 执行搜索、用 AlignIO 与 DistanceTreeConstructor 建树。Entrez 需设置 Entrez.email，可选 api_key 提升请求频率。
适用场景：格式批量转换、序列统计与过滤、基因获取与 CDS 翻译、同源序列比对与系统发育分析、蛋白结构叠合等。
限制：读取 SAM/BAM/CRAM 应改用 pysam，生态多样性指标应改用 scikit-bio；本地 BLAST 需安装 BLAST+，MUSCLE 比对需单独安装；远程 NCBI 访问受速率限制；叠合要求原子数一致。其余细节暂未提供。