用途：对细菌、古菌基因组组装及质粒进行快速、标准化的基因注释，生成带 NCBI 兼容 locus tag 与产物名称的结果。
主要能力：以 Prodigal 预测 CDS，用 tRNAscan-SE、Aragorn、Barrnap、Infernal 识别非编码 RNA，用 PILER-CR 检测 CRISPR，并通过 DIAMOND/HMM 分级检索 UniRef100 及 IPS/UPS 数据库，赋予基因名、EC 号、GO 术语和 COG 分类。支持 --plasmid、--complete 处理环状复制子，--meta 注释 MAG。输出 GFF3、GenBank、EMBL、INSDC FASTA、JSON 摘要及 Circos 图，约 5 Mb 基因组在 8 CPU 上需 5–15 分钟。
使用方式：先安装依赖并下载数据库：mamba install -c conda-forge -c bioconda bakta；bakta_db download --output db/ --type light（轻库约 3 GB，完整库约 70 GB）。运行前可用 command -v bakta 检查是否已存在。基本命令：bakta genome.fasta --db db/bakta_db_light --output results/ --prefix sample1 --threads 8。可通过 --genus、--species、--strain、--locus-tag、--translation-table、--min-contig-length、--skip-plot 等参数调整。JSON 与 TSV 输出可用 Python（biopython、pandas、matplotlib）解析统计；bakta_plot 可重新渲染环状图。
适用场景：分离株基因组、质粒、环状复制子、MAG 的注释与下游汇总分析。
限制：需要≥4 GB（轻库）或≥16 GB（完整库）内存，建议≥8 CPU；输入需为纯 FASTA 且序列头无空格等特殊字符；标准流程针对细菌和古菌，病毒或线粒体等应改用 Prokka；需完全符合 NCBI GenBank 标准时应改用 PGAP；支原体等使用非标准遗传密码的物种需正确设置 --translation-table，否则基因会被截断。资料未提及收费、价格与具体效果数据。