SuperAPI AI 工具集

archs4-database

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:ARCHS4(All RNA-seq and ChIP-seq Sample and Signature Search)汇集来自 NCBI GEO/SRA 并统一比对处理的人与小鼠 RNA-seq 数据,覆盖 100 万以上样本。该技能用于获取基因级表达证据,而非变异等位频率(后者用 gnomad-database),也不是通路富集工具(后者可用 gget enrichr)。

主要能力:

  1. 组织 z-score 表达谱(/meta/genes/{symbol}/zscore,按物种查询,正值表示高于群体均值);
  2. 共表达基因查询(/meta/genes/{symbol}/correlations,可设 limit);
  3. 样本检索(/samples/search,按组织、疾病等关键词返回 GEO/SRA 样本与元数据);
  4. 基因级元数据摘要(/meta/genes/{symbol});
  5. HDF5 表达矩阵批量访问,适合大规模跨研究分析与机器学习。

使用方式:API 基址为 https://maayanlab.cloud/archs4/api/v1,无需 API key 或账号。需安装 Python 包:pip install requests pandas matplotlib seaborn。人基因用 HGNC 符号(如 TP53),小鼠用 MGI 符号(如 Trp53);物种参数为 human 或 mouse。约 10 请求/秒,顺序查询间加 time.sleep(0.1)。HDF5 文件(如 human_gene_v2.6.h5)经 data portal 下载后可用 h5py 读取,必要时 pip install h5py。

适用场景:检索组织/细胞类型特异表达,构建共表达网络或 guilt-by-association 分析,寻找可复分析的数据集,验证差异表达方向,比较多个基因组织表达模式。结果可导出 CSV,再用 omics-plotting SKILL 绘制柱状图或热图。

限制:REST API 仅返回聚合谱,无单样本表达值;HDF5 下载需约 30–60 GB 磁盘;大小写错误或 Ensembl ID 可能返回空结果。