SuperAPI AI 工具集

torchdrug

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:TorchDrug 是面向药物发现与分子科学的 PyTorch 机器学习工具箱,用图神经网络、预训练模型和任务定义处理分子、蛋白质和生物知识图谱。

主要能力:分子性质预测(ADMET、毒性、活性、量子化学性质等);蛋白质建模(序列与结构、功能、稳定性、定位、相互作用);知识图谱推理(药物重定位、基因-疾病关联、多跳推理);分子生成(从头设计、先导优化、性质引导生成);逆合成规划(反应中心识别、合成子补全、多步路线规划)。内置 40+ 数据集(BBBP、HIV、Tox21、QM9、EnzymeCommission、GeneOntology、PDBBind、Hetionet、USPTO-50k 等)和 20+ 模型架构(GCN、GAT、GIN、RGCN、MPNN、SchNet、GearNet、ESM、ProteinBERT、TransE、RotatE、ComplEx、GraphAutoregressiveFlow 等)。

使用方式:安装 pip install torchdrug,或 pip install torchdrug[full] 安装可选依赖。典型流程为加载数据集、定义 GNN 模型、创建任务(如 PropertyPrediction)、用 PyTorch 优化器训练。可与 RDKit 互转分子对象,可加载 AlphaFold 预测的 PDB 结构构建残基图,也可用 PyTorch Lightning 封装任务。

适用场景:分子性质与 ADMET 预测、蛋白质功能与结构预测、药物-靶点结合预测、生物医学知识图谱链接预测、新分子生成、合成路线规划,以及在科学数据上训练图神经网络。

限制:资料未提供收费、价格、平台支持范围与效果指标等信息;使用前需自行准备数据与算力,分子生成结果需做有效性校验,大图训练可能需调整批次或梯度累积。