RDKit 是面向化学信息学的综合工具包，通过 Python API 提供分子分析与操作能力，可用于药物发现、计算化学和化学信息学研究。
主要能力：
- 分子读写：用 Chem.MolFromSmiles、MolFromMolFile、MolFromMolBlock、MolFromInchi 读取结构，用 MolToSmiles、MolToMolBlock、MolToInchi 输出；支持 SDMolSupplier、SmilesMolSupplier、ForwardSDMolSupplier、MultithreadedSDMolSupplier 批量读取和 SDWriter 写出。
- 清洗与校验：解析时自动执行价键检查、芳香性感知等步骤，可用 sanitize=False 关闭或 Chem.SanitizeMol 手动执行，用 DetectChemistryProblems 检测问题。
- 结构与性质：遍历原子/键、环信息、手性中心、片段与 Murcko 骨架；用 Descriptors 计算分子量、LogP、TPSA、氢键供受体、可旋转键、芳香环数等，CalcMolDescriptors 可一次得到全部描述符。
- 指纹与相似性：支持 RDKFingerprint、Morgan 指纹、MACCS keys、原子对、拓扑扭转等，用 DataStructs 计算 Tanimoto、Dice、Cosine 相似度，并可用 Butina 聚类。
- 子结构检索：用 SMARTS 定义查询，通过 HasSubstructMatch、GetSubstructMatches 匹配。
- 化学反应：用 ReactionFromSmarts 定义反应并 RunReactants 生成产物。
- 2D/3D 坐标：Compute2DCoords 生成二维坐标，EmbedMolecule、EmbedMultipleConfs 生成构象，UFF/MMFF 优化，AlignMol 对齐。
- 可视化：Draw.MolToImage、MolsToGridImage 绘图，支持高亮子结构，rdMolDraw2D 自定义，Jupyter 中可内联显示。
- 其他：加/去氢、Kekulize、ReplaceSubstructs、Uncharger 中和电荷、rdMolHash 生成哈希、随机 SMILES、药效团特征提取。
使用方式：安装后导入 rdkit 模块，按上述 API 调用；所有 MolFrom* 失败返回 None，处理前需检查。
限制：资料未提供具体安装命令、版本要求、收费与平台信息；部分功能（如 Avalon 指纹）标注为“if available”。