用途：pysam 是读写、操作基因组数据集的 Python 模块，为 htslib 提供 Python 接口，用于 NGS 数据处理，如比对文件分析、变异分析、序列提取与覆盖度计算。
主要能力：AlignmentFile 类处理 SAM/BAM/CRAM 比对文件，支持按区域 fetch、按质量或标记过滤、覆盖度统计与 pileup 逐碱基分析；VariantFile 类处理 VCF/BCF 变异文件，支持区域查询、基因型与 INFO/FORMAT 字段访问、过滤与注释；FastaFile 提供参考序列随机访问，FastxFile 读取 FASTQ 原始数据；还可调用 samtools/bcftools 命令，如 pysam.samtools.sort("-o", "sorted.bam", "input.bam")。
使用方式：通常经 conda 或 pip 安装（conda install -c bioconda pysam；pip install pysam）。随机访问需索引文件：BAM 需 .bai，CRAM 需 .crai，FASTA 需 .fai，VCF.gz 需 .tbi，BCF 需 .csi；无索引时可用 fetch(until_eof=True) 顺序读取。注意坐标系统：pysam 用 0 基半开区间，而 fetch() 的区域字符串按 samtools 约定为 1 基。
适用场景：测序比对文件分析、遗传变异分析、参考序列或基因区域提取、FASTQ 处理、覆盖度与读深计算、生信分析流程、测序数据质控、变异检测与注释流程。
限制：缺少索引时无法随机访问；fetch() 返回与区域边界重叠的读段而非完全包含者；pileup 迭代器需保持引用；修改 query_sequence 后不能原地改 query_qualities；流式仅支持 stdin/stdout；线程安全未完全验证。官方文档：https://pysam.readthedocs.io/