用途:Latch 是面向生物信息学的 Python 框架,用于把分析流程构建并部署为无服务器流水线,基于 Flyte。
主要能力:1) 工作流创建与部署:用 Python 装饰器定义无服务器工作流,支持原生 Python、Nextflow、Snakemake,自动 Docker 容器化,自动生成无代码界面,支持版本控制与可复现。2) 数据管理:LatchFile/LatchDir 云存储抽象,Registry(Projects→Tables→Records)结构化组织,类型安全操作,本地与云端自动传输,glob 匹配。3) 资源配�置:预配置装饰器 @small_task、@large_task、@small_gpu_task、@large_gpu_task,自定义 CPU/内存/GPU/存储,GPU 支持 K80、V100、A100,超时与存储配置。4) 已验证工作流:批量 RNA-seq、DESeq2、通路分析、AlphaFold/ColabFold、单细胞工具(ArchR、scVelo、emptyDropsR)、CRISPR 分析、系统发育等。
使用方式:安装 python3 -m pip install latch;登录 latch login;初始化 latch init my-workflow;注册 latch register my-workflow。前置条件:Docker 已安装并运行、Latch 账号凭据、Python 3.8+。用 @workflow/@task 装饰器定义任务与流程,参数使用类型注解,docstring 会显示在界面。
适用场景:RNA-seq 分析、将 Nextflow 流程转为 Latch、添加 GPU 支持、用 Registry 组织测序数据、运行 AlphaFold/DESeq2 等预构建流程。
限制:需 Docker 与账号;资源配额与平台限制以官方为准;本地测试建议先用 Docker;具体收费、价格与效果资料未提供。