gget 是命令行生物信息学工具，同时是一个 Python 包，为 20 多个基因组数据库和分析方法提供统一访问入口。所有模块既可用命令行调用，也可作为 Python 函数使用。其查询的数据库会持续更新，模块每两周自动测试并在必要时适配新结构。
用途与主要能力：一是参考与基因信息，gget ref 获取 Ensembl 参考基因组下载链接与元数据，gget search 按名称或描述查找基因，gget info 汇总 Ensembl、UniProt、NCBI 的基因/转录本信息，gget seq 获取核苷酸或氨基酸序列。二是序列分析与比对，包括 gget blast（BLAST 核酸或氨基酸比对，支持 blastn/blastp 等）、gget blat（UCSC BLAT 定位基因组位置）、gget muscle（Muscle5 多序列比对）、gget diamond（DIAMOND 快速局部比对）。三是结构与蛋白分析，gget pdb 查询 RCSB PDB，gget alphafold 用简化版 AlphaFold2 预测三维结构，gget elm 预测真核线性基序。四是表达与疾病数据，含 gget archs4、gget cellxgene、gget enrichr、gget bgee、gget opentargets、gget cbio、gget cosmic。
使用方式：安装可执行 uv pip install gget 或 pip install --upgrade gget；命令行基本形式为 gget <module> [arguments] [options]，Python 中 import gget 后调用 gget.module(arguments, options)。命令行默认返回 JSON，加 -csv 返回 CSV；Python 返回 DataFrame 或字典。通用参数有 -o/--out 保存结果、-q/--quiet 抑制进度信息。部分模块（如 alphafold、elm、cellxgene）需先运行 gget setup 完成额外配置，alphafold 还需按 Python 版本安装 OpenMM。
适用场景与限制：适合需要快速查询基因、序列比对和蛋白结构的研究分析场景。cosmic 模块商业使用需许可并需账号凭据；部分模块返回结果数量或输入 ID 数量有限制（如 info 约 1000 个 ID）。资料未提供价格、性能基准与具体平台支持等细节。