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esm

设计与创作

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:ESM(Evolutionary Scale Modeling)提供蛋白质语言模型,用于理解、生成与设计蛋白质。该技能涵盖两个模型家族:ESM3 用于跨序列、结构和功能的生成式蛋白质设计,ESM C 用于高效的蛋白质表示学习与嵌入提取。

主要能力:一、序列生成,用 ESM3 生成具备目标性质的新蛋白质序列、补全部分序列、生成变体。二、结构预测与反向折叠,可由序列预测三维结构,也可由目标结构设计序列。三、嵌入,用 ESM C 生成蛋白质嵌入,用于功能预测、分类、相似性分析等下游任务。四、功能条件与注释,用功能轨道生成带特定功能注释的蛋白质。五、思维链式多步精修设计。六、通过 Forge API 进行异步批量处理。

必要用法:基本安装为 pip install esm;如需更快推理可加装 flash-attn。本地加载示例:ESM3.from_pretrained("esm3-sm-open-v1").to("cuda"),用 ESMProtein(sequence="MPRT___KEND") 构造提示,下划线代表掩码位,再调用 model.generate(protein, GenerationConfig(track="sequence", num_steps=8))。嵌入使用 ESMC.from_pretrained("esmc-300m"),经 model.encode 与 model.forward 得到嵌入。Forge 远程调用可用 ESM3ForgeInferenceClient(model="esm3-medium-2024-08", url="https://forge.evolutionaryscale.ai", token="<token>"),令牌在 Forge 平台获取,SDK 已含该客户端。

模型选择:ESM3 有 esm3-sm-open-v1(1.4B,开放权重、可本地)、esm3-medium-2024-08(7B,仅 Forge)、esm3-large-2024-03(98B,仅 Forge);ESM C 有 esmc-300m、esmc-600m、esmc-6b。

适用场景:蛋白质工程、药物发现、科研,包括新蛋白设计、变体生成与筛选、基于结构的序列优化、功能预测与嵌入聚类分析。

限制:生成序列建议用结构预测或湿实验验证;API 调用需处理错误与重试并注意频率限制;应遵循负责任生物设计框架,评估生物安全与伦理影响。具体收费、价格等资料未提供。