用途：通过 Ensembl 基因组数据库 REST API 查询与获取脊椎动物基因组数据，覆盖 250+ 物种，当前版本为 115（2025 年 9 月）。适用于按基因名或 Ensembl ID 查基因、取 DNA/转录本/蛋白序列、做变异与 VEP 功能后果预测、找跨物种同源基因、访问调控注释、在基因组组装间转换坐标以及比较基因组学分析。
主要能力：按 symbol、Ensembl ID 或外部数据库标识检索基因信息，获取转录本、蛋白、坐标与 UniProt/RefSeq 等交叉引用；以 JSON、FASTA、纯文本取基因组、cDNA、蛋白序列；按 rsID 或坐标查变异、用 VEP 预测后果、查人群频率与表型关联；查找直系同源与旁系同源、基因树与基因家族；按区域列出基因、转录本、调控元件和变异；在 GRCh37 与 GRCh38 等组装间映射坐标。
使用方式：推荐安装 pip install ensembl_rest，使用 EnsemblClient 调用 symbol_lookup、lookup_id、sequence_id、sequence_region、vep_hgvs、variation_id、homology_ensemblgene、genetree_member_symbol、overlap_region 等；也可直接用 requests 访问 REST 端点，如 https://rest.ensembl.org/lookup/symbol/homo_sapiens/BRCA2，GRCh37 查询使用 https://grch37.rest.ensembl.org。无需安装包时，pip install requests 即可。可用 info_species 与 info_assembly 查询物种和组装信息；常用物种标识如 human、mouse、zebrafish。
限制：匿名用户速率上限为每秒 15 次请求，需处理 429 状态并读取 Retry-After 后重试；批量查询应使用批量端点并缓存结果。仓库提及 references/api_endpoints.md 与 scripts/ensembl_query.py，但资料未提供其具体内容与用法。其他细节暂未提供。