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drugbank-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:该技能用于通过 Python 程序化访问 DrugBank 数据库,获取并分析药物信息,涵盖药物属性、药物相互作用、靶点、通路与化学结构等。据资料,数据库包含约 9,591 条药物条目(2,037 个 FDA 批准小分子、241 个生物药、96 个营养品及 6,000+ 实验化合物),每条含 200+ 数据字段。

主要能力:一是数据访问与认证,借助 drugbank-downloader 下载并解析 XML,支持指定版本、缓存;二是药物信息查询,可按 DrugBank ID、名称、CAS 号或关键词检索,提取标识、化学性质、药理学与外部数据库交叉引用;三是药物相互作用分析,提取 DDI、构建双向网络、按严重程度分类并计算风险评分;四是靶点与通路分析,包括靶点、代谢酶(如 CYP450)、转运体及 SMPDB 通路映射;五是化学性质与相似性分析,含 SMILES/InChI 提取、理化性质、Lipinski 与 Veber 规则、Tanimoto 相似度与分子指纹、ADMET 预测。

使用方式:先安装依赖,如 pip install drugbank-downloader,并可按需安装 bioversions、lxml、pandas、rdkit、networkx、scikit-learn。需在 go.drugbank.com 创建免费账户并接受许可协议,获取用户名与密码,通过环境变量或配置文件管理凭据,避免硬编码。下载时建议指定版本以保证可复现,例如 from drugbank_downloader import download_drugbank; path = download_drugbank(version='5.1.10')。详细实现指引分布在 references/data-access.md、references/drug-queries.md、references/interactions.md、references/targets-pathways.md、references/chemical-analysis.md 等参考文件中。

适用场景:药物发现流程、多重用药安全分析、药物重定位研究、药理学研究等。

限制:资料未提供收费、价格或具体平台支持范围;仅说明学术用途可免费,但需遵守许可合规要求。使用时应规定数据版本、缓存解析结果、处理 XML 命名空间,并用 RDKit 验证化学结构。交互数据解读需结合临床背景。