COBRApy 是用于代谢模型基于约束的重建与分析（COBRA）的 Python 库，面向系统生物学与代谢工程。用途包括加载和构建基因组尺度代谢模型、模拟细胞代谢、预测表型、开展代谢工程分析。
主要能力：模型管理，可用 read_sbml_model、load_json_model、load_yaml_model 读取模型，用 write_sbml_model、save_json_model、save_yaml_model 保存，内置 load_model("textbook")、"ecoli"、"salmonella"。可访问 reactions、metabolites、genes 等组件，查看反应式、边界、GPR 规则、代谢物公式与区室。
分析功能：FBA（model.optimize、slim_optimize），pFBA、geometric FBA；FVA（flux_variability_analysis，支持 fraction_of_optimum、loopless、reaction_list）；单/双基因与反应敲除（single/double_gene_deletion、single/double_reaction_deletion）；生长培养基与最小培养基（model.medium、minimal_medium）；通量采样（sample，optgp/achr）；生产包络（production_envelope）；缺口填充（gapfill）；以及用 Model、Reaction、Metabolite 从零建模。
使用方式：通过 Python 导入上述模块调用；临时修改可用 with model 上下文管理器自动回滚；可用 model.solver 切换 GLPK、CPLEX、Gurobi 等求解器。
适用场景：系统生物学研究、代谢工程、基因必需性筛选、培养基优化、通量不确定性分析。
限制：资料未提供安装命令、收费与价格信息；官方文档见 https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/。需注意模型可行性、求解器差异、不可行或无界解等常见问题，并建议核验通量采样数值稳定性。