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chembl-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:39

技能介绍

用途:以编程方式访问 ChEMBL 生物活性分子与药物发现数据,适合化合物检索、靶点信息、生物活性查询(IC50、Ki、EC50)、已批准药物与临床候选物信息、结构相似性与子结构搜索、化学信息学分析及靶点-配体关系探索。

主要能力:分子查询(按 ChEMBL ID、名称或性质过滤,如 MW、LogP);靶点查询(如检索激酶类单蛋白靶点);生物活性查询(按靶点与标准类型/数值/单位筛选);相似性与子结构搜索(基于 SMILES);药物信息、作用机制与适应症查询;结果可转为 pandas DataFrame 分析。

使用方式:安装 pip install chembl_webresource_client;通过 from chembl_webresource_client.new_client import new_client 访问 molecule、target、activity、drug、mechanism、similarity、substructure 等端点,支持 Django 风格过滤操作符(如 __icontains、__lte、__range、__in)。客户端自动缓存 24 小时,查询为惰性执行,需转为 list 触发;结果自动分页。

限制:数据虽经人工整理,仍可能存在不一致,应查看 data_validity_comment 与潜在重复标记;需遵守公平使用政策,控制请求频率,大规模数据建议批量下载;生物活性使用标准单位,pchembl_value 为归一化值。具体价格与授权信息暂未提供。