用途：Biopython 是免费的计算分子生物学 Python 工具集，适合处理 DNA、RNA、蛋白质序列，读写与转换 FASTA、GenBank、FASTQ、PDB、mmCIF 等格式，访问 NCBI 数据库，运行与解析 BLAST，做序列比对、蛋白结构分析、系统发育树构建，以及基序、群体遗传学、序列统计等任务。
主要能力：按模块划分，Bio.Seq 与 Bio.SeqIO 负责序列操作和文件 I/O；Bio.Align 与 Bio.AlignIO 负责成对及多序列比对；Bio.Entrez 以编程方式访问 NCBI 数据库；Bio.Blast 运行并解析 BLAST；Bio.PDB 处理三维蛋白结构；Bio.Phylo 操作和可视化系统发育树；Bio.motifs、Bio.PopGen、Bio.SeqUtils、Bio.Restriction、Bio.Cluster、GenomeDiagram 等提供基序、群体遗传、序列统计、限制酶分析、聚类和基因组图等高级功能。
使用方式：安装命令为 pip install biopython，需 Python 3 与 NumPy。访问 NCBI 时必须设置邮箱：from Bio import Entrez; Entrez.email = "your.email@example.com"，可选设置 Entrez.api_key 提高速率限制（10 req/s 而非 3 req/s）。常见用法包括用 SeqIO.parse 读取序列、SeqIO.convert 转换格式、Entrez.esearch/efetch 检索下载、NCBIWWW.qblast 运行 BLAST、PDBParser 解析结构、Phylo.read 读取树。处理大文件宜用迭代器，文件句柄用后关闭或使用上下文管理器，网络与解析操作应做异常处理。
适用场景：序列统计（GC 含量、分子量、熔解温度）、格式转换、PubMed/NCBI 查询、BLAST 结果筛选、结构距离与 RMSD 计算、系统发育树构建与可视化等。
限制：官方文档、教程、GitHub 与邮件列表见 biopython.org 与 github.com/biopython/biopython；需遵守 NCBI 速率限制，建议缓存下载数据，解析前校验文件格式，翻译时使用合适遗传密码表。资料未提供收费、价格与平台支持等细节。