run-r-analysis

用途：在既有 R 研究项目中运行分析脚本与报告，适合需要执行差异表达、PCA、聚类、回归、时间序列等分析并获取输出文件与结果的场景。主要能力：激活 renv 环境、设置工作目录为项目根、加载 .Rprofile；执行 .R 脚本并捕获控制台输出；渲染 .Rmd 与 .qmd 为 HTML/PDF/Word 报告；支持带参数的参数化分析；捕获图表、表格、模型与报告文件路径；报告错误并给出行号、缺失包与路径问题提示。使用方式：提供 script_path 指定脚本或 Rmd 文件；可选 working_dir（默认当前目录）、render_report（默认 true）、output_format（html/pdf/all，默认 html）、params（命名列表，默认 NULL）。示例中通过 setwd、renv::activate()、source() 执行脚本，通过 rmarkdown::render() 或 quarto::quarto_render() 渲染报告。典型输出：图表位于 results/figures/，表格位于 results/tables/，模型位于 results/models/，报告位于 reports/。限制：需已有项目结构；依赖正确安装的 R 包与 renv 环境；脚本错误会中断并报告；资料未提供具体支持平台、安装步骤或收费信息。