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更新于 10-15 22:38

技能介绍

用途:面向药物发现的计算化学流程,把分子结构(SMILES、SDF)转化为可操作的预测结果,缩小需合成与测试的化合物范围。

主要能力:解析并校验分子结构;计算描述符(分子量、LogP、氢键供体/受体、TPSA、可旋转键、环数等);按 Lipinski 五规则做成药性过滤;预测 ADMET(吸收、分布、代谢、排泄、毒性)风险标记;用 Morgan 指纹(radius=2,2048 位)做相似性搜索与 Tanimoto 打分;虚拟筛选排序;分子对接结构准备;化学空间与构效关系可视化;可对接 PubChem、ChEMBL 检索化合物并与已知活性/非活性物做基准比较。

使用方式:在支持 Python 与 RDKit 的环境(如 Cursor、VS Code、Windsurf、Claude Code、Cline)中生成可复现流程。典型步骤为解析校验、描述符计算、成药性过滤、ADMET 预测、虚拟筛选打分、对接准备、输出候选排序列表。示例函数包括 molecular_properties、lipinski_filter、similarity_search、admet_flags。

适用场景:化合物库成药性筛选、先导化合物 ADMET 预测、分子相似性检索、对接前结构准备、化学空间与构效关系可视化。

限制与注意:需先校验 SMILES 解析,无效结构会产生静默错误;Lipinski 五规则宜作初筛而非绝对阈值;相似性搜索应报告所用 Tanimoto 阈值;比较前需标准化分子(去盐、中和、规范化);aider 平台仅部分支持,仅限代码生成。具体收费、价格与效果资料暂未提供。