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更新于 10-15 22:38

技能介绍

用途:将原始测序数据转化为生物学洞见,覆盖转录组、基因组、蛋白质组与系统生物学分析。

主要能力:单细胞 RNA-seq 的 Scanpy 标准流程(质控、归一化、降维、聚类、差异表达、通路富集);bulk RNA-seq 使用 DESeq2/edgeR;基因组变异检测与注释;序列比对与同源搜索;基因调控网络与蛋白互作建模;基于序列的蛋白结构或功能预测;FASTA/FASTQ 处理。

使用方式:在支持 Agent Skills 的环境(如 Cursor、VS Code、Windsurf、Claude Code、Cline)中调用,由代理生成可复现的 Python 分析脚本。示例流程包括 sc.pp.filter_cells、sc.pp.normalize_total、sc.tl.pca、sc.tl.umap、sc.tl.leiden、sc.tl.rank_genes_groups,以及用 gprofiler 做 GO/KEGG/REAC 富集、用 Bio.SeqIO 与 Align.PairwiseAligner 做序列分析。

最佳实践:过滤少于 200 基因的细胞与少于 3 细胞中出现的基因;去除线粒体读数占比 >20% 的细胞;单细胞差异表达用 Wilcoxon 秩和检验;基因水平检验做 Benjamini-Hochberg 多重校正;各阶段保存中间 AnnData 对象;报告 Scanpy、AnnData 与 Python 版本。

适用场景:单细胞与 bulk 转录组分析、变异注释、序列与蛋白分析、通路富集与系统生物学建模。

限制:资料未提供具体收费、价格与平台支持细节;aider 仅部分支持;实际效果取决于数据质量与运行环境。