用途:Evo 2 是长上下文基因组基础模型,用于对 DNA 序列打分、嵌入与生成,适合逐核苷酸或逐序列似然计算、变异效应评估等场景。
主要能力:score_sequences 返回每条序列的平均对数似然(list[float] 或 np.ndarray),越负表示模型下越不可能;变异效应可计算固定窗口内的 Δll = ll_alt - ll_ref。generate 返回 GenerationOutput,含 .sequences、.logits 与 .logprobs_mean。模型包括 evo2_7b(7B,1M nt 上下文,约 22 GB)、evo2_40b(40B,1M nt,约 78 GB)、evo2_1b_base(1B,8K nt,约 6 GB,FP8 需 sm_89+)。
使用方式:安装 pip install evo2,首次加载从 Hugging Face 拉取权重。示例:from evo2 import Evo2; model = Evo2("evo2_7b"); ll = model.score_sequences(seqs)。生成示例:model.generate(prompt_seqs=["ATGAAAGCT"], n_tokens=256, temperature=0.7)。远程计算可提交作业,设置 HF_HOME 指向权重缓存挂载并设 HF_HUB_OFFLINE=1。
环境要求:Python 3.11(推荐 3.12,<3.13),CUDA 12.1+(推荐 12.4+),GPU 显存 24 GB(7B bf16)或 80 GB(40B),内存 32 GB 或 128 GB。
限制:7B/40B 推理受 GPU 限制;40B 在小于 80 GB 显存上会 OOM,需改用 7B 或 device_map 分片;score_sequences 需传 list[str] 而非张量;权重占用约 15 GB(7B)、80 GB(40B)。