SuperAPI AI 工具集

borzoi

智能体与模型

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更新于 10-15 22:15

技能介绍

用途:从 DNA 序列预测全基因组功能轨道,包括 RNA-seq、CAGE、DNase、ChIP 等,并可用于评估变异的调控效应。

主要能力:Borzoi 接收约 524 kb 的 one-hot 窗口,输出覆盖 7,611 条人类轨道的分箱预测;小鼠头(2,608 条轨道)默认关闭,可通过 enable_mouse_head=True 启用,并用 forward(..., is_human=False) 选择。变异评分时,以变异为中心分别运行 ref/alt 窗口并比较逐轨道输出。

使用方式: from borzoi_pytorch import Borzoi model = Borzoi.from_pretrained("johahi/borzoi-replicate-0").cuda().eval() 输入形状为 (batch, 4, 524288),输出为 (batch, tracks, 6144) 分箱。输出为 (B, T, L) 张量,T 条轨道 × L 个 32 bp 分箱。轨道元数据(assay、biosample)位于 borzoi_pytorch.pytorch_borzoi_model.TRACKS_DF,或使用 AnnotatedBorzoi 子类时的 model.tracks_df;基础 Borzoi 模型没有 targets 属性。

环境要求:Python 3.10+(推荐 3.11),CUDA 12.1+(推荐 12.4),GPU 显存最低 16 GB、推荐 24 GB+。远程计算需 ≥24 GB 显存,并需预缓存 HF 权重或可访问 huggingface.co。

远程计算:先读取 compute_details({provider, mode:'read'}) 获取含 borzoi-pytorch 的环境,然后提交作业: c = host.compute.create(provider) job = c.submit_job(intent="Borzoi track prediction for 1 locus — 1×GPU, ~2 min", inputs=[{"src": "borzoi_run.py", "dst_filename": "borzoi_run.py"}], command="python3 borzoi_run.py", outputs=["tracks.npz"], timeout_seconds=1800) 随后调用 wait_for_notification,收到 compute_done 后执行 save_artifacts(payload["featured_files"])。如需完整结果字典,可重新进入内核执行 c.attach_job(job_id).result() 再 c.close()。若提供方暴露权重缓存挂载,可在 borzoi_run.py 中将 HF_HOME 指向该路径。

限制与排错:输入窗口长度固定为 524288 bp,需填充或裁剪,且不作为模型属性暴露;若出现 module has no version,改用 importlib.metadata.version("borzoi-pytorch")。