Paper Write SCI 是一个用于根据 LaTeX 论文项目撰写、修订和润色 SCI 期刊论文正文的 Skill。它的目标之一是让论文写得更接近作者本人风格，而不是通用 AI 模板。
【用途】 该 Skill 面向已有 LaTeX 论文项目的正文写作与优化，输入包括论文源代码目录、Figure/Table 注释、可选的用户要求和参考论文或参考作者材料，并可在可选项中指定运行模式与风格。它不适用于仅改格式或样式参数、纯参考文献管理、图片处理以及非论文写作任务。
【运行模式】 默认模式为 autonomous（AI 自主模式，默认值与别名以 config.yaml:mode 为准）。在该模式下，发现问题即直接修复，采用最小必要改动原则，写入任何新数字前先进行数字审查，结束前需通过章节职责终审、全文一致性终审和逻辑树终审。 另一模式为 collaborative（人机协作）。该模式先完整读论文，再归纳缺陷和修改路径；计划仅作为人类审查材料，不对正文落笔。计划内容至少包含问题、证据、建议动作、影响章节、关联图表、风格锚点、章节分工风险与风险说明；计划文件名、主题 slug、run_id 和输出目录以 config.yaml:runtime_outputs 为准。
【风格】 风格目录为 references/styles/，风格模板为 references/styles/style-template.md，默认风格以 config.yaml:style.default 为准。当前提供两种风格：bensz-01（生物医学，以作者风格为中心，强调问题导向、方法命名、强数字对比、详尽且对非领域读者友好的 figure legend，以及诚实局限）；general-01（通用 SCI，综合官方 SCI 写作建议，提供未指定领域时的稳健默认风格）。若用户提供参考论文或作者材料，可在所选风格基础上提炼额外信号，保存到当前运行目录的 analysis/reference-style.md。风格只改变表达方式，不改变事实、数字和逻辑。当任务涉及 Discussion 去结果化或全面润色时，先用 general-01 守住章节分工底线，再叠加 bensz-01 的作者感。
【流程】 阶段 0 初始化：确认论文目录与 Figure/Table 注释，定位主入口 tex（优先检查 main.tex），扫描 \input{} 与 \include{} 建立章节路径映射，识别构建方式与受保护格式文件，并运行 python3 scripts/prepare_workspace.py --paper-dir <paper_dir> [--mode ...] [--style ...] [--topic ...] [--reference-material ...]。 阶段 1 理解当前论文：读取全文与关键 front/back matter，对照注释提取每张图表支撑的论点，识别优质与薄弱段落、事实风险、风格不一致位置，标记章节职责风险（如 Introduction 泄露结果、Results 过度解释、Discussion 复述结果），标记 Introduction 中核心观点、痛点、问题被重复表达的位置，初步构建逻辑树写入 analysis/logic-tree.md；若涉及全文缩写治理，建立 analysis/abbreviation-inventory.md。 阶段 2 决定执行路径：collaborative 模式生成计划文件并停止，不修改正文；autonomous 模式制定内部修订顺序，优先修正事实错误、数字风险和逻辑断裂，再做结构优化、语言润色和风格统一。 阶段 3 逐节写作或修订：默认顺序为 Introduction -> Methods -> Results -> Discussion -> Conclusion -> Additional Information -> Figure Legends -> Supplementary Materials -> Abstract。每节先读现有文本和对应图表证据，判断章节职责后再用所选风格写作；少用带冒号的解释句，多用自然从句、分号或独立句；Introduction 中核心问题、痛点与贡献各安排在最合适的一处展开；涉及新数字先过数字审查，涉及缩写先回查缩写清单。Figure Legends 或 Supplementary Materials 需解释每个 panel 读图所需的最小视觉语法。 阶段 4 终审：发起 section-role-check，完成全文一致性复核（数字、缩写、Figure/Table 引用与图注一致性），复查冒号解释句密度与 Introduction 重复表述，重建逻辑树并发起逻辑审查，若有阻塞性问题先修复再复审。 阶段 5 渲染与交付：按优先级检测构建链——项目内置一键构建或导出脚本、scripts/manuscript_tool.py、Makefile、latexmk、直接 xelatex；若存在 Word 导出链也应尝试执行，构建日志放入当前运行目录的 render/。
【输出与输出管理】 autonomous 模式直接修改目标正文文件，并将分析、审查、渲染日志写入 <paper_dir>/.bensz-api/task-{yyyymmdd-hhmm}-{简短描述}/paper-write-sci/{yyyy-mm-dd-hh-mm}/，若检测到可用构建链则尝试重新渲染 PDF 与 Word。collaborative 模式只输出计划文件，默认带上本轮 run_id，不直接修改论文内容。正式交付物（如 plans/{collaborative_plan_pattern} 与论文最终构建产物）之外的中间文件都必须放入上述运行目录；禁止使用旧目录 .write-paper-sci/ 与 .write-paper/。
【约束与限制】 不修改 artifacts/、.sty、.cls、.bst、.bbx、*.cbx、latexmkrc；不改 main.tex 结构，除非用户明确要求；不编造数字；不把缩写检查降级成“当前文件自洽”，不允许同一概念在不同 tex 中缩写冲突；不为整洁重排无关段落；用户要求“只改某节”时严格限制改动范围；协作模式下严格禁止直接修改论文。此外，Skill 自身设计缺陷应先用 bensz-collect-bugs 记录到 ~/.bensz-skills/bugs/，不直接修改用户本地已安装的 Skill 源码；仅当用户明确要求公开上报时才上传。错误与恢复方面，保留错误证据和已完成产物，仅在输入、环境或外部依赖恢复后从最近失败步骤重试。
【适用场景】 适用于已有 LaTeX 论文项目、需要对 SCI 正文进行撰写、修订或润色的情况，可指定风格、运行模式或局部章节范围，并在具备构建链时完成 PDF/Word 渲染闭环。