用途：手动补刷 Obsidian 里的目录页/导航页（MOC），覆盖论文与概念两类目录。
主要能力：先读取共享配置 ../_shared/user-config.json，若存在 ../_shared/user-config.local.json 则用其覆盖默认值，并生成统一变量 VAULT_PATH、NOTES_PATH、CONCEPTS_PATH、AUTO_REFRESH_INDEXES、GIT_COMMIT_ENABLED、GIT_PUSH_ENABLED。其中 NOTES_PATH = {VAULT_PATH}/{paper_notes_folder}，CONCEPTS_PATH = {NOTES_PATH}/{concepts_folder}；GIT_PUSH_ENABLED 仅在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才可能为真。
使用方式：依次运行 python3 ../_shared/generate_concept_mocs.py 与 python3 ../_shared/generate_paper_mocs.py，随后汇报扫描目录数、新建/更新目录页数及写入位置。默认 AUTO_REFRESH_INDEXES=true、GIT_COMMIT_ENABLED=false、GIT_PUSH_ENABLED=false；仅当 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才做 git 操作，且需先确认 VAULT_PATH/.git 存在、git add 后确有 staged changes 才 commit；仅当 GIT_PUSH_ENABLED=true 且仓库已配置远端时才 push。
限制：目录页生成逻辑必须来自仓库自带脚本，不依赖 VAULT_PATH/scripts/*；重复运行应保持幂等；用户手动运行该 skill 时不受 AUTO_REFRESH_INDEXES 开关影响。