用途：作为用户论文笔记系统的第 3 步，承接前序步骤的推荐结果，完成概念库补充、论文笔记生成、链接回填与目录页刷新。开始前需先告知“开始整理笔记 📝”和当天日期。
主要能力与流程：Step 0 读取 ../_shared/user-config.json，若存在 ../_shared/user-config.local.json 则覆盖默认值，并生成 VAULT_PATH、NOTES_PATH、CONCEPTS_PATH、DAILY_PAPERS_PATH、AUTO_REFRESH_INDEXES、GIT_COMMIT_ENABLED、GIT_PUSH_ENABLED、ENRICHED_INPUT 等变量；前置检查 /tmp/daily_papers_enriched.json 与当天推荐文件是否存在，缺失则提示先运行前置步骤并停止。Step 1 从推荐文件提取 [[...]] 链接及富化数据的 method_names，合并去重后仅保留方法/模型名、数据集名、仿真器/框架名、技术概念名，为缺失概念按 concept-categories.md 规则自动归类建笔记。Step 2 读取分流表，仅为“必读”论文生成笔记，先按行数与关键段落做质量检查，再经 Task agent 调用 /paper-reader skill（传 arXiv 链接），由其在独立上下文决定文件名与分类；生成后须验证行数≥120、至少 2 处 LaTeX 公式、至少 1 张图片及关键公式、实验结果等段落。Step 3 扫描 NOTES_PATH 建索引，将笔记链接以 - 📒 笔记: [[笔记名]] 插入推荐文件“来源”行之后，并同步修正分流表与详评标题中的 wikilink。Step 4 仅当 AUTO_REFRESH_INDEXES=true 时运行 python3 ../_shared/generate_concept_mocs.py 与 python3 ../_shared/generate_paper_mocs.py。Step 5 仅当 GIT_COMMIT_ENABLED=true 且 VAULT_PATH/.git 存在、有 staged changes 时执行 cd {VAULT_PATH} && git add -A && git commit -m "daily papers: notes YYYY-MM-DD"，仅当 GIT_PUSH_ENABLED=true 且已配置远端才 push。
适用场景：为每日论文推荐批量补充概念、生成高质量笔记并回填链接。限制：前置文件缺失时不可运行；禁止手写简化骨架笔记或借 context 溢出跳过论文；默认自动刷新目录页，但默认不做 git commit/push。