ma-manuscript-quarto

用途：面向元分析（meta-analysis）的最终论文准备，用 Quarto 生成标准 IMRaD 结构稿件，并渲染为 PDF、HTML、Word。输入来自 06_analysis/figures/、06_analysis/tables/ 及 02_search/round-01/dedupe.bib 或最终参考文献，输出写入 07_manuscript/（含 00_abstract.qmd 至 04_discussion.qmd、index.qmd、references.bib、Makefile、prisma_flow 相关文件、结果一致性报告等）。\n\n流程分两阶段，不可跳过第一阶段。第一阶段先建大纲：初始化 Quarto 项目与 _quarto.yml、index.qmd，复制 assets/quarto/ 模板，使用 scripts/build_evidence_map.py 汇总分析产出，用 scripts/init_result_claims.py 初始化 result_claims.csv，再填写 manuscript_outline.md 的 10 个部分（项目信息、关键信息、叙事线、各章节提纲、图表计划、参考文献计划、字数目标、补充材料、预写作就绪门槛等），检查无未填占位符并交由用户确认后才进入第二阶段。\n\n第二阶段按大纲撰写，写作顺序为 Methods、Results、Discussion、Introduction、Abstract，风格遵循 AMA（上标编号引用、无缩写词、被动语态用于方法与结果、统计须含估计值+95%CI+p 值）。结构组件由脚本生成，如 prisma_flow.py、insert_search_report.py、build_result_paragraphs.py、build_study_characteristics.py、insert_traceability_table.py；若脚本失败可按资料说明手动完成。汇编与校验用 assemble_results.py、verify_doi.py（DOI 覆盖率≥90%，退出码 0 为通过）、results_consistency_report.py、lint_qmd.py、init_submission_checklist.py。\n\n渲染与同步：推荐 bash ma-manuscript-quarto/scripts/build_manuscript.sh --project <name> --all，或 07_manuscript/ 下 make all（含 sync、html、pdf via typst、docx）。同步为单向 06_analysis → 07_manuscript，表格以 PNG 形式嵌入，不要在 07_manuscript/ 直接修改 PNG。限制：需要已完成的 06_analysis/ 数据；若分析不完整须先回到 /ma-meta-analysis；具体期刊模板适配方式与依赖环境要求暂未提供。