用途：Biopython 是免费 Python 生物计算工具集，用于序列操作、生物文件读写与格式转换、NCBI 数据库访问、BLAST、序列比对、蛋白结构分析、系统发育树等分子生物学任务。当前版本 1.87（2026 年 3 月 30 日发布），支持 Python 3.10-3.14 与 PyPy3.10，依赖 NumPy；1.87 修复了 Bio.Entrez.Parser 解析不可信文件时的 CVE-2025-68463，解析外部 Entrez XML 建议使用 1.87+。
主要能力：Bio.Seq/Bio.SeqIO 处理序列与 FASTA、GenBank、FASTQ 等格式；Bio.Align/Bio.AlignIO 做双序列与多序列比对；Bio.Entrez 访问 NCBI（PubMed、GenBank、Protein、Gene 等）；Bio.Blast 运行并解析 BLAST；Bio.PDB 解析 PDB/mmCIF 并计算距离、RMSD 等；Bio.Phylo 读写与可视化系统发育树；另有 motifs、PopGen、SeqUtils、Restriction、Cluster、GenomeDiagram 等。
使用方式：安装可执行 uv pip install "biopython==1.87"。使用 NCBI 时须设置 Entrez.email，建议设置 Entrez.tool；如需更高频率限制（10 req/s 而非 3 req/s），仅从环境变量读取 NCBI_API_KEY，不要硬编码。常用模式包括 SeqIO.parse 逐条读取、SeqIO.convert 转换格式、Entrez.esearch/efetch 检索下载、NCBIWWW.qblast 与 NCBIXML.read 解析结果、PDBParser 解析结构、Phylo.read 与 draw_ascii 展示树。
适用场景：序列统计（GC 含量、分子量、熔解温度）、ORF 与翻译、限制酶位点、群体遗传、聚类、基因组示意图，以及从比对构建距离树等。
限制：需自行处理网络错误与文件格式校验；大文件应使用迭代器；应缓存下载数据并遵守 NCBI 频率限制；Bio.HMM、Bio.MarkovModel、Bio.Application 已在 1.86 移除，可改用 hmmlearn 与 subprocess；1.86 起 PairwiseAligner 默认 gap score 由 0 改为 -1，如需旧行为可设 aligner.gap_score = 0。官方文档见 https://biopython.org/docs/latest/，源码见 https://github.com/biopython/biopython。