用途：该技能提供从FASTQ到克隆型多样性指标的TCR/BCR免疫组库端到端分析流程，适用于bulk或单细胞免疫组库测序数据。
主要能力与流程：
- MiXCR处理：用mixcr align将reads比对到V(D)J片段，命令为 mixcr align -s hsa -p rna-seq R1.fastq.gz R2.fastq.gz aligned.vdjca；再用 mixcr assemble aligned.vdjca clones.clns 组装克隆型；最后用 mixcr exportClones clones.clns clones.txt 导出。
- VDJtools分析：用 vdjtools Convert -S mixcr clones.txt vdjtools/ 转换格式；用 vdjtools CalcDiversityStats vdjtools/clones.txt diversity/ 计算多样性指标；用 vdjtools CalcPairwiseDistances vdjtools/*.txt overlap/ 计算样本重叠。
- 可视化：用 vdjtools PlotFancySpectratype vdjtools/clones.txt spectra/ 绘制谱型图；用 vdjtools PlotFancyVJUsage vdjtools/clones.txt usage/ 绘制V使用图。
QC检查点：比对后检查V/J分配率（典型>70%）；组装后核对克隆型数量与覆盖度；多样性计算后与预期范围比较。
相关技能：tcr-bcr-analysis/mixcr-analysis（MiXCR详细用法）、tcr-bcr-analysis/vdjtools-analysis（多样性指标）、tcr-bcr-analysis/repertoire-visualization（绘图）。
限制：资料未提供具体软件版本、安装方式、参数调优细节、运行环境要求及结果解读阈值，需结合实际情况确认。